La vuelta al fútbol profesional no fue sencilla. Además, la temporada terminó de la mejor manera posible, ya que los babazorros consiguieron alzarse con el título de campeón, el 16 de junio, tras vencer al CD Tenerife por 2-0 en la ida y perder por 2-1 en la vuelta. El Alavés jugó en Éibar, ganando el partido, pero la victoria del Getafe en Tenerife provocó que el Alavés no ascendiera. Se llegó así al 1 de julio de 1920, fecha en la que José Cabezas constituyó finalmente un club remarcable en el devenir del fútbol vitoriano: el Sport Friend’s Club. ↑ «Clasificatorias Europeas Fecha 4». UEFA. Ubicado en la segunda categoría del fútbol vasco, o de la Región del Norte, el 23 de enero, tras enfrentarse al también local Regimiento de Cuenca en el Campo de Cervantes con empate final 1-1, fue la última fecha en la que jugó bajo esa denominación. El 2 de abril de 2011 Josean Querejeta, presidente del exitoso club de baloncesto local Saski Baskonia, se hizo con el control del club a través de Avelino Fernández de Quincoces, uno de sus hombres de confianza, tras lograr el apoyo político de las instituciones alavesas. No obstante, la negativa de Caja Vital al préstamo de 2 millones de euros al grupo inversor, puso de nuevo en riesgo la existencia del club.
En la temporada 1989/90, el Alavés encontró un punto de inflexión al tomar sus riendas un nuevo grupo de empresarios, tras unas campañas donde se corrió verdadero riesgo de desaparecer. Cabe destacar la gran actuación de Javi Moreno, determinante en el éxito del Alavés esa temporada tanto en la liga, donde consiguió 33 goles, como en la UEFA. El Alavés en 2001 era el equipo que más goles ha conseguido en una temporada en la historia de la Copa de la UEFA con 36, además es el primer equipo en jugar una final de la UEFA en el año de su debut. La entidad arrastraba graves problemas económicos debidos a la mala gestión de Dmitry Piterman, por lo que el club entró en concurso de acreedores, lo que acarreó una intervención judicial. En los años 2020 y 2021 el estadio fue centro de distribución de alimentos por parte del Banco de alimentos de la ciudad, apoyando así esta causa social para intentar paliar los graves problemas que muchas familias sufrieron en la Pandemia de COVID-19.
Así es como el equipo comenzó la 86-87, en Tercera, división en la que permaneció cuatro años. También en 1928 se crea La Liga de fútbol, y el Alavés es incluido en la 2.ª División. El descenso se materializó el 13 de marzo de 1947 en el mismo escenario en el que había logrado el título de liga en 1935, en Santander, con una derrota por 4-1 ante el Racing. Una semana después, el 4 de junio de 2016, el Alavés se enfrentó al Nástic en la última jornada del campeonato. Finalmente, el 24 de junio se hizo oficial la entrada del nuevo grupo inversor con Fernández de Quincoces a la cabeza. Chile cae estrepitosamente 8 a 1 frente a Uruguay y queda en el último puesto del grupo. En 1931 el Alavés queda 2.º en el campeonato regional y disputa la Copa de 1931, pero cae en 1/16 frente al C.E. A final de temporada, el Rayo queda en el décimo séptimo puesto de la tabla, y está obligado a disputar la permanencia con la S. D. Compostela. A continuación, eliminó a los noruegos Lillestrøm (1-3 y 2-2) en la 2.ª ronda, y Rosenborg (1-1 y 1-3) en 1/16 de final, al poderoso Inter de Milán en su estadio por 0-2 en octavos el 22 de febrero de 2001, tras empatar 3-3 en Vitoria, al Rayo Vallecano en cuartos tras vencer 3-0 en Vitoria y 2-1 en Vallecas, y al Kaiserslautern alemán en las semifinales (en Vitoria 5-1 y 1-4 en el estadio alemán).
Con Juan Arregui Garay como presidente, y tras la disputa durante cinco temporadas consecutivas de los «play off «por el ascenso a la Segunda división, lo logró en Jaén el 21 de junio de 1995, comandado por Jesús Aranguren, pese a perder 3-1. Tres años más tarde, el 3 de mayo de 1998, y tras batir el récord de puntos de la Segunda División española (82) logró el ascenso a la Primera División en Mendizorroza ante el Rayo Vallecano. Tras varios años intentando solucionar el tema de la deuda que el conjunto vitoriano arrastraba desde la salida de Dmitry Piterman del club en el año 2007, a principios de verano del 2015 el club salió del concurso de acreedores poniendo fin a esa etapa «negra» en el seno del club. Tras unas complicadas negociaciones, en verano de 2007, Fernando Ortiz de Zárate fue elegido presidente del Deportivo Alavés. En la primera junta de accionistas se produce un relevo en la presidencia de la entidad, el exfutbolista Fernando Losfablos sustituye a Armando Borraz, que pasaría a ocupar la presidencia de la Fundación El Alcoraz, máxima accionista del club. ↑ Vivas Sabroso, Fernando (2011). En vivo y en directo : una historia de la televisión peruana.