Al término de la temporada el equipo acaba en 5..ª posición, con Joseba Llorente (incorporación del club para esta temporada), como máximo goleador del equipo con 17 tantos. En el verano de 2006, el club disputa su cuarta final de la Copa Intertoto, cayendo contra el NK Maribor esloveno por un global de 2-3, lo cual le excluyó para jugar competiciones europeas en la temporada 2006-07. En esa misma temporada, las lesiones de gravedad de algunos jugadores y la marcha a mitad de temporada de Juan Román Riquelme desembocaron en una discreta primera vuelta del equipo, pero -entre otros factores- la recuperación de Pirès y los 19 goles de Forlán (quinto máximo goleador de Liga) permitieron cumplir con el objetivo de disputar competición europea sin pasar por la Intertoto. Aun así, la emisora causó una enorme deuda al Estado boliviano, el cual optó por declararlo en quiebra. Debutó por primera vez en Primera División, el 31 de agosto de 1998 contra el Real Madrid en el Santiago Bernabéu, cayendo por un marcador de 4-1. Aun así, el Villarreal (al mando de José Antonio Irulegui) tuvo una buena primera vuelta de campeonato, destacando los triunfos sobre el U. D. Salamanca por 5-0 en El Madrigal y sobre el F. C. Barcelona de Louis van Gaal (1-3 en el Camp Nou).
Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre El Clásico. En 1956, asciende por primera vez a Tercera División, manteniéndose en la categoría durante cinco campañas consecutivas, hasta 1961, momento en que desciende a Primera Regional. El 13 de mayo de 2012, tras perder en los últimos instantes con el Atlético de Madrid por 0-1 con gol de Falcao en El Madrigal, el Villarreal desciende a la Segunda División, tras acabar en el 18° lugar en la temporada 2011-2012, después de 12 años consecutivos en la máxima competición. Tras la desaparición del C. D. Villarreal, en 1942 se constituye un nuevo equipo, el Club Atlético Foghetecaz y se federa el 25 de agosto de 1947, cuando empieza a competir en categorías regionales, y se elige a Lorenzo Cardá Corbató como primer presidente de la sociedad y a José Ramos Nebot como secretario. En 2012 Atlético Bucaramanga clasificó a la segunda fase del evento al terminar tercero de su grupo y avanzó a cuartos de final tras eliminar a la Uniautónoma en la definición por penales, luego de haber empatado 2-2 en Bucaramanga y 1-1 en Barranquilla.
El seleccionado isleño terminó 5.º, pudiendo vencer solamente a Samoa Americana por 5-1. En los Juegos de 1991 compartió grupo con Islas Salomón, Vanuatu y Papúa Nueva Guinea. El Villarreal comenzó con una equipación de camisetas blancas y pantalones negros, lo que se refleja en su primer escudo. Valverde acabó siendo destituido y reemplazado por Juan Carlos Garrido, entrenador del Villarreal «B». En la temporada 2001-2002, con un hasta entonces desconocido Rafa Benítez como entrenador y con futbolistas como Albelda, Baraja, Vicente, Cañizares, Carboni, Djukic, Angloma, Ayala o Rufete entre otros, el Valencia gana de nuevo un título de Liga tras 31 años sin conseguirlo. El nuevo entrenador escaló posiciones en la tabla, hasta conseguir ocupar el séptimo puesto en la Liga. Bajo el mando de Pellegrini y tras una gran segunda vuelta de campeonato, el Submarino Amarillo logra el tercer puesto de la liga en la temporada 2004-05, solo por detrás del F. C. Barcelona y del Real Madrid, y con Diego Forlán como Pichichi de la temporada y Juan Román Riquelme como el mejor jugador del equipo.